Browsing by Author "Mozioglu, Erkan"

Now showing 1 - 3 of 3

A simple guanidinium isothiocyanate method for bacterial genomic DNA isolation
(TUBITAK SCIENTIFIC \& TECHNICAL RESEARCH COUNCIL TURKEY, 2014-01-01) Mozioglu, Erkan; Akgoz, Muslum; Tamerler, Candan; Kocagoz, Zuhtu Tanil
A high-quality and low-cost genomic DNA isolation method is needed for use in microbiology laboratories. In this study, we developed a new modified guanidinium isothiocyanate method to isolate DNA from Escherichia coli, Salmonella enterica subsp. enterica serotype Typhimurium, and Staphylococcus aureus and compared it with 4 other DNA isolation methods. The results show that the modified guanidinium isothiocyanate method developed in our laboratory is simple, fast, and inexpensive and yields DNA whose quality and quantity are similar to that of 2 commercial extraction kits but far better than 2 conventional DNA extraction methods used for comparison.
Hidroksisinamik Asit Türevlerinin Canlı-Dışı Helicobacter Pylori Karşıtı Etkileri ile Üreaz Enzimini Engelleme Etkinliklerinin Araştırılması
(Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi, 2020-11-01) Oktem Okullu, Sinem; Mansur, Nesteren; Mozioglu, Erkan; Kolgazi, Meltem
ÖZET Helicobacter pylori (H. pylori), insanlarda, gastrit, peptik ülser, gastrik kanser ve mukoza ilintili lenfoid doku lenfoması gibi ciddi mide hastalıklarına yol açan önemli bir hastalık etkenidir. H. pylori, ürettiği üreaz enzimleri sayesinde üreyi, karbondioksit ve amonyağa parçalayarak mide çeperinin asidik koşullarını normal pH’ya getirip hayatta kalabildiği için bu bakterilerle vücudun savaşımı kolay değildir. H. pylori enfeksiyonları için antibiyotikler mevcut olsa da antibiyotik direnci gelişimi nedeniyle bu tedaviler sonuçsuz kalabilmekte ve yeni antibiyotiklere gereksinim her geçen gün artmaktadır. Hidroksisinamik asit türevleri basit fenolik asitler olup meyvelerde, meyve çekirdeklerinde ve sebzelerde bulunmaktadır. Ferulik asit, kafeik asit, p-kumarik asit, sinapik asit, sözü edilen bu fenolik asit grubuna ait olup antioksidan, anti-inflamatuvar, antimikrobiyal özelliklere sahiptir ve bu nedenle bazı bakteri enfeksiyonlarının tedavisinde, ilaçlara seçenek olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmamızda, bu üç fenolik asidin H. pylori üzerindeki antimikrobiyal etkinliği ve ürez enzimini engelleme etkisi araştırıldı. Hidroksisinamik asit türevlerinin anti-H. pylori etkisi H. pylori G27 standart suşu üzerinde test edildi. Minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK), değerleri 512 ila 0,5 ug/mL arasında değiştiği seri tüp seyreltme yöntemiyle, minimum bakterisidal konsantrasyon (MBK) değerleri ise MİK içinde kullanılan aynı konsantrasyonlarda canlı ve ölü bakterilerin nispi oranının hesaplanması ile belirlendi. MİK için CLSI M07-A9, MBC için CLSI M26-A protokolleri kullanıldı. Ureaz inhibisyon aktivitesi Helicheck, üreaz aktivitesine özgü indikatörlü besiyerinde ölçülmüştür. H. pylori’ye karşı test edilen tüm bileşikler için MİK 64 ug/mL ve MBK 128 ug/mL idi. Test edilen bileşiklerin H. pylori tarafından salgılanan üreaz enzimi üzerinde hiçbir inhibisyonu saptanmadı. Nükleotid salma deneyi sonuçlarına göre, hidroksisinamik asit türevlerinin bakteri zarında hasara sebep olması ile zarda oluşan deliklerden dışarı salınma eğiliminde olması beklenen herhangi bir nüklotit miktarı ölçülememiştir. Gerçekleştirilen bu çalışma, literatür taramalarımız doğrulutusunda, hidroksisinamik asit türevlerinin anti-H. pylori aktivitesini gösteren ilk çalışmadır. Bu bileşiklerin anti-H. pylori üzerindeki etki mekanizmasını anlamak için daha ileri analizlere ihtiyaç vardır.
Simple concentration method enables the use of gargle and mouthwash instead of nasopharyngeal swab sampling for the diagnosis of COVID-19 by PCR
(SPRINGER, 2021-01-01) Kocagoz, Tanil; Can, Ozge; Yurttutan Uyar, Neval; Aksoy, Ece; Polat, Tuba; Cankaya, Dilara; Karakus, Betul; Mozioglu, Erkan; Kocagoz, Sesin
Since its emergence in December 2019, SARS-CoV-2 is causing one of the most devastating pandemics in human history. Currently, the most important method for definitive diagnosis of COVID-19 is identification of SARS-CoV-2 RNA in nasopharyngeal swab samples by RT-PCR. Nasopharyngeal swab sampling is a discomforting procedure sometimes with adverse effects, which also poses a risk for infection for the personnel performing the sampling. We have developed a new method for concentrating biological samples, which enabled us to use gargle and mouthwash samples to be used in RT-PCR, for the diagnosis of COVID-19, as an alternative to nasopharyngeal swab samples. We have analyzed nasopharyngeal and gargle and mouthwash samples, before and after concentration, of 363 patients by RT-PCR for the presence of SARS-CoV-2. Among 114 patients in which SARS-CoV-2 was identified in at least one of their samples, the virus was identified in 76 (66.7\%), 67 (58.8\%), and 101 (88.6\%) of nasopharyngeal swab, gargle, and mouthwash samples before and after concentration, respectively. When concentrated by our new method, gargle and mouthwash samples can be used instead of nasopharyngeal samples in identification of SARS-CoV-2 by RT-PCR, with the same or better sensitivity. Eliminating the need for nasopharyngeal sampling will save the patients from an invasive and painful procedure and will lower the risk of infection for the healthcare personnel taking the sample. This easy sampling procedure may decrease the workload of hospitals, shorten the turnaround time of obtaining test results, and thus enable rapid isolation of infected patients.